Habitado por frailes dominicos, el convento de la Madre de Dios de Alcalá de Henares había sido fundado en la segunda mitad del siglo XVII y ampliado en el siglo XVIII. Tras ser saqueado por las tropas napoleónicas y pocos años más tarde desamortizado, quedó en estado de abandono y pasó a manos del Ayuntamiento local. Luego tuvo otros usos, entre ellos el de cárcel, hasta mediados del siglo XX. Desde finales de ese siglo, las antiguas dependencias conventuales albergan las instalaciones del Museo Arqueológico Regional de la Comunidad de Madrid. En ellas se muestra una interesante colección de fósiles y otros hallazgos paleontológicos, acompañados por útiles prehistóricos, vestigios romanos y otros elementos localizados en diferentes yacimientos de la Comunidad de Madrid. Sobresale por su unicidad la llamada Pátera de Titulcia, elemento de orfebrería de posible origen fenicio hallado en esa localidad madrileña. Aunque, posiblemente, los elementos más destacados del museo sean diversos mosaicos encontrados en la antigua ciudad romana de Complutum y que se exponen en lo que fue el claustro conventual.
