A diferencia de su vecino San Millán de Suso, que fue establecido tras la muerte del eremita homónimo a finales del siglo VI, el motivo fundacional del monasterio de San Millán de Yuso es desconocido. Se sabe que fue fundado por orden de García III de Navarra a mediados del siglo XI y en torno a su constitución circula una curiosa leyenda. De acuerdo con ella, cuando los restos de San Millán eran trasladados desde el monasterio de Suso al no demasiado lejano de Nájera, los bueyes que los llevaban se pararon en este lugar y no hubo forma de moverlos de ahí. Entendiendo este acto como una señal, el monarca ordenó erigir el monasterio. Inicialmente tuvo fábrica románica pero fue derribado por completo y reconstruido en el siglo XVI, y fue entonces cuando adquirió su actual aspecto herreriano. Pero si por algo destaca este lugar es por albergar el códice denominado Glosas Emilianenses, que data del siglo XI y contiene la primera muestra escrita tanto de la actual lengua castellana como también de las primeras palabras de las que se tiene constancia en euskera.