Construido a comienzos del siglo X por mandato del conde Gonzalo Fernández, el monasterio de San Pedro de Arlanza adquirió pronto una relevancia tal que lo llevó a ser denominado la cuna de Castilla. Seguramente la fama conseguida durante aquellos tenebrosos tiempos de la Baja Edad Media se debe a la figura de Fernán González, hijo del fundador del cenobio y a la vez cimentador de lo que poco después constituiría el reino de Castilla en sí. Sentía tal devoción por este lugar el legendario conde castellano que pidió ser enterrado en él, tal y como lo había hecho su esposa Sancha, fallecida con anterioridad. Cuenta la leyenda que su padre iba tras la pista de un jabalí al que intentaba dar caza cuando éste se refugió en una cueva cercana, donde Gonzalo Fernández mandó edificar una ermita en honor de los tres anacoretas que en ella se encontraban.

Según otras versiones, probablemente menos verosímiles, el origen del monasterio de San Pedro de Arlanza es incluso anterior y su fundación se debería a Recaredo, el primer rey visigodo convertido al cristianismo. Quienes apoyan esta teoría afirman que el cenobio acogía el sepulcro del rey Wamba y que fue destruido durante las primeras décadas de la invasión musulmana, refugiándose los monjes que allí tenían su morada en las cuevas de los aledaños. Enlazaría así esta versión con el encuentro del conde Gonzalo Fernández y los ermitaños mencionado anteriormente. Lo cierto es que del monasterio original no quedaba rastro alguno ya en la misma Edad Media y que la iglesia que perduró, de la cual todavía pueden verse algunos restos, fue construida a finales del siglo XI.

Como suele ser habitual en este tipo de edificaciones religiosas el hecho de ir ganando adeptos con el paso del tiempo, y así incrementarse el número de monjes allí recluidos, requirió sucesivas restauraciones con el fin de adaptar su capacidad a las necesidades de sus moradores. De esta manera, la portada que puede verse en la actualidad es muy posterior a la fundación del monasterio y algo similar sucede con el claustro, cuyo tamaño es considerablemente superior al del cenobio original. Ello demuestra que San Pedro de Arlanza fue creciendo en los más de nueve siglos transcurridos desde su fundación hasta el momento en que debió ser abandonado, como resultado de la Ley de Desamortización de Mendizábal, a pesar de encontrarse situado en un entorno aislado a orillas del río que le da nombre.

Sin entrar en la justicia o injusticia de la mencionada ley desamortizadora, mediante la cual se expropiaron buena parte de las propiedades de la Iglesia católica con el fin de venderlas a manos privadas, el impacto que supuso en el panorama artístico español fue devastador. Numerosos edificios históricos no encontraron comprador y, por consiguiente, fueron abandonados. Muchos otros sufrieron la falta de mantenimiento por parte de sus nuevos propietarios. La consecuencia fue un deterioro del patrimonio hispano que se ha prolongado hasta nuestros días. En el caso concreto del monasterio de San Pedro de Arlanza, su estado de abandono comenzó a ser evidente poco tiempo después de la promulgación de la ley, lo que motivó el traslado de los restos de Fernán González y su esposa Sancha a la vecina localidad de Covarrubias unos años más tarde.

Los afanes expropiadores del ministro Mendizábal, unidos a la aislada situación del monasterio, trajeron el efecto colateral del expolio sufrido por el mismo tras su abandono. Los frescos del siglo XIII que decoraban algunas de sus salas se hallan ahora en museos de Barcelona y Nueva York. Su portada original puede verse en Madrid, concretamente en el Museo Arqueológico Nacional. El románico sepulcro de Mudarra, que se piensa corresponde al hermanastro de los siete infantes de Lara, se halla en Burgos. Por no hablar de todas las obras de arte que hayan pasado a manos privadas desde entonces. Muy alejado de la apariencia que debió tener, en la actualidad San Pedro de Arlanza tan solo ofrece al visitante algunas trazas de su pasado esplendor, aparte de algunos fenómenos paranormales que, según se asegura, allí ocurren. Deben ser los espíritus de tantos seres legendarios enterrados en aquel lugar, en un postrero intento de no ser molestados y así poder descansar definitivamente en paz.