Originalmente dedicado a la advocación de San Bartolomé, la fundación del más adelante denominado Convento de San Francisco tuvo lugar a finales del siglo XVI. El cenobio estaba situado extramuros de la población de Valencia de Alcántara y llegó a alcanzar cierta relevancia en años posteriores. Sin embargo, diversas guerras sufridas durante los siglos XVII y XVIII lo llevaron al expolio, dejándolo en un estado de ruina casi absoluto. Durante la Guerra de Sucesión sirvió de alojamiento al monarca español Felipe V, además de ser usado como hospital de campaña para sus tropas. Tras ser reconstruido, en parte gracias a donaciones de los vecinos de la villa, fue expropiado durante la funesta desamortización de Mendizábal y sacado a subasta a mediados del siglo XIX. Desde entonces, es de propiedad particular.
