Tal y como era habitual durante la Reconquista, la colegiata de Santa María se edificó sobre la mezquita mayor de la ciudad de Calatayud y su advocación fue dedicada a la Virgen María. Aunque no hay demasiados datos, se sabe que su consagración se produjo a mediados del siglo XIII, más de un siglo después de la conquista de la ciudad. La construcción actual está datada a comienzos del siglo XVII y a ella se adaptaron el ábside y la torre mudéjares, así como la portada labrada en alabastro durante el siglo anterior. El campanario está rematado por un chapitel de pizarra que le fue añadido en la segunda mitad del siglo XVIII.