Comenzada a construir tras la canonización de Francisco de Asís, ocurrida en 1228, la basílica dedicada al ya santo en su ciudad natal estaba destinada a guardar sus restos mortales tras su deceso dos años antes. Concebida en principio como muestra de austeridad, fue creciendo a la vez que las obras, que se prolongaron en el tiempo. El resultado final fueron dos basílicas, denominadas superior e inferior, ambas independientes y dedicada la segunda a albergar las reliquias del santo. Los dos templos están decorados con maravillosos frescos, en los que participaron los artistas más relevantes de la época. Tras un terremoto ocurrido en 1997 la Basílica Superior sufrió daños considerables y algunas obras de Giotto así como parte de una bóveda decorada por Cimabue, donde se mostraba a los Cuatro Evangelistas, se perdieron para siempre.