Formando parte del antiguo convento homónimo, la iglesia de Santa Clara fue fundada en la primera mitad del siglo XVII. Mantiene su original traza barroca, presentando planta de cruz latina con un crucero de escasas dimensiones sobre el que se sitúa una linterna. A mediados del siglo XIX se comenzaron a guardar en el interior del templo diversos restos arqueológicas, que con el tiempo dieron lugar a la creación del Museo Arqueológico de Mérida. Tras la Guerra Civil continuó el almacenamiento de objetos en su interior, hasta que en 1975 se decidió la creación de un nuevo edificio dedicado a albergar el Museo Nacional de Arte Romano y hasta él se trasladaron la mayor parte de las piezas. Hacia 1986 la iglesia fue acondicionada para exponer en su interior los fondos del que más adelante sería el Museo del Arte y la Cultura Visigoda local. Han pasado más de tres décadas y lo que iba a ser algo provisional, hasta la adaptación de un nuevo inmueble dedicado a tal fin, sigue sin cambios en la actualidad.