Francisco había nacido en Zamora a mediados del siglo XVI. No pasaba la ciudad zamorana por una de sus mejores etapas en esa época y la pobreza que vivían muchos de sus habitantes los animaba a emigrar. De manera que el joven salió de su tierra natal en cuanto pudo y se enroló en los Tercios de Flandes, a las órdenes del Duque de Alba. Decidido a llevar una vida religiosa y austera, más tarde se unió a la orden franciscana. La entrada en dicha orden conllevaba un voto de pobreza, con lo que el zamorano renunció a sus ya de por sí escasas posesiones personales entregándolas en favor de su comunidad. Como símbolo de compromiso, también cambió su nombre a Juan Pobre y, con el fin de distinguirse del hermano Fray Juan Pobre Díaz, añadió su lugar de procedencia, convirtiéndose en Fray Juan Pobre de Zamora.

Tras varios años de oscuridad, que seguramente pasó dedicado a la vida contemplativa en la tranquilidad de un convento, Juan Pobre de Zamora llegó a Filipinas en una misión evangelizadora a finales del siglo XVI. Estuvo inspeccionando diversas misiones franciscanas en Japón y una vez terminada su tarea retornó a Manila, con la intención de embarcar en el Galeón de Manila con destino a México. Pero los hados jugaron en su contra y el buque, de nombre San Felipe, naufragó cerca de la isla nipona de Shikoku. Los japoneses, además de apoderarse de la mercancía que hallaron en la embarcación, hicieron prisioneros a los veintiséis misioneros que iban a bordo y los crucificaron en Nagasaki. No está del todo claro como logró salvarse el zamorano.

Deportado a Macao en un barco portugués, consigue volver de nuevo a Manila y desde allí regresa a España, aunque no por demasiado tiempo. Un par de años después el fraile zamorano reaparece a bordo del mítico Galeón de Manila, en ruta de nuevo hacia la capital filipina junto a otros misioneros de la orden franciscana. Pero no llega a su destino, puesto que el gobernador español de Filipinas en aquella época ordenó al buque que se desviara hacia Micronesia en busca de los supervivientes del galeón Santa Margarita, que había naufragado el año anterior en las islas hoy conocidas como Marianas, y hasta allí puso proa el capitán de la embarcación.

Algo debió ver Juan Pobre de Zamora en la isla de Rota, cerca de la cual se encontraba, puesto que decidió permanecer en ella a pesar de la prohibición del gobernador de Filipinas. Por consiguiente, cuando el buque soltó amarras y se disponía a emprender el camino hacia Manila con los náufragos, el inquieto fraile saltó por la borda acompañado por Fray Pedro de Talavera. Ambos fueron recogidos por los isleños, que se habían acercado en sus canoas a despedirse de los españoles. El zamorano pasó varios meses conviviendo con los chamorros en la mencionada isla de Rota y posiblemente también en la cercana isla de Guam, situada algo al suroeste. Más adelante dejaría constancia de sus vivencias en la obra Historia de la pérdida y descubrimiento del galeón San Felipe.

Pero aquí no terminan las vicisitudes de este incansable aventurero. Tras ser recogido por el galeón Jesús María emprende el retorno de nuevo a España. Durante cuatro o cinco años está a caballo entre Madrid y Roma intentando que se revoque un decreto del pontífice Gregorio XIII mediante el cual solo los jesuitas podían evangelizar Japón. Una vez conseguido su propósito vuelve por enésima vez a embarcarse en el Galeón de Manila con destino Filipinas. No se sabe muy bien que hizo allí esta vez ni por qué decidió regresar a España, en esta ocasión vía la India, Persia y Mesopotamia, completando de esta manera la que posiblemente sea la primera vuelta al mundo en solitario. Poco tiempo después fallecía en el desaparecido convento de San Bernardino de Madrid, justo la víspera de partir de nuevo hacia Manila. Allí acabó sus días quien para algunos viajeros actuales, como el no menos incansable Jorge Sánchez, fue el primer mochilero auténtico de la historia.